アナが放った謎の雲は、空を赤く染め、やがて赤い雨を降らせる。その謎を解明するため、そしてＶ（ビジター）が地球に求めているものを突き止め人類を救うために、エリカたちの戦いが始まるのだった。（オリジナル版「Ｖ」のジェーン・バドラーがアナの母親役として出演）
この15年間、アナは母のダイアナに一度も会っていなかった。そして今、二人は暗い母船の奥底で初めて向き合っている。一方エリカは、タイラーを身ごもっていた頃、Ｖによって実験台にされた可能性があると疑い、タイラーの血液検査をすることに。
同僚の捜査官がＶであることが判明したエリカは、彼女と文字どおり“命がけで”戦うことになる。自分と「第五部隊」の関係がアナに知られてはいけないからだ。その頃リサは、自分の体が少しずつ変化し、母親のアナに似てきたことに気づくのだった。
３人の平和大使が「第五部隊」の過激派に殺害される事件が起きる。エリカは皮肉にも、その犯人を捜し出すという任務を負う。一方、ジャックに賛同する世界各地の神父たちがＶを非難する声明を出し始める中、アナは真の“平和”を訴えるためにバチカンへ向かう。
アナが、地球の人々に“贈り物”をする。その名は「コンコルディア」。それは新たな雇用をもたらし、医療や技術を提供する素晴らしいものだという。一方、イーライは、贈り物のお披露目の時こそ、アナを暗殺する絶好のチャンスだとエリカたちの前で言い放つ。
ますます大胆な攻撃を仕掛けてくる第五部隊。激怒したアナは、ライアンを使って彼らを一掃しようとする。その頃、神父のジャックは、バチカンから、教会を去るようにと命じられる。一方、リサは亡くなったはずの祖母、ダイアナに生まれて初めて会うことになる。
アナに対する復讐心に燃えるエリカは、彼女に致命的な一撃を与えるために、ある計画を企て香港に乗り込む。だがアナは、タイラーの体が、Ｖの交配相手としての価値を失いつつあることに気づいていた。一方、リサはダイアナとの結束を強め、アナに反抗し始める。
エリカは、第五部隊の正式なリーダーとなり、高度な危険を伴う方法でアナに立ち向かおうとする。一方、人類の滅亡というゴールに着々と近づいていたアナの前には、思いがけない障害が立ちはだかる。そんな中、ライアンはアナの目を盗み、リサを救い出そうとする。
コンコルディア計画は予定どおりに進み、アナは、地球で初めてのブルー・エネルギー装置のスイッチを入れようとする。だが、そのエネルギーが人類に及ぼす影響、そしてアナの最終目標が何なのかは謎だ。そんな中、ダイアナはリサに運命を全うするようにと諭すのだった。
アナは、Ｖの進化のため、リサとタイラーを交配させようとする。だがその頃、エリカとダイアナは、リサの協力を得てアナへのクーデターを起こそうとしていた。一方、Ｖが主張する平和的な共存について以前から懐疑的だったあるキーパーソンが登場し、シーズン・フィナーレは一気にショッキングな結末へと突き進む。。（オリジナル版「Ｖ」のマーク・シンガーが出演）
